三者都是點源逐點掃描成像，通過控制掃描驅動范圍，調節放大倍數，主要區別

1、極限分辨率不同, 緣于放大信號源的差異

激光共聚焦：極限分辨率 150nm.

掃描電鏡：20nm~0.8nm.

原子力顯微鏡：極限分辨率0.1nm

2、掃描驅動方式不同

激光共聚焦：激光轉鏡控制激光掃描范圍和掃描速度。

掃描電鏡：電磁線圈控制電子束掃描范圍和掃描速度，

原子力顯微鏡：壓電位移傳感器驅動樣品臺X,Y 方向掃描，

3、立體成像的差別

激光共聚焦：通過納米精度步進電機驅動樣品在Z軸方向逐層成像，軟件將設定的各層圖像合成清晰立體圖像。

掃描電鏡： 單幀圖像具有很大景深，但屬于二維圖像，通過立體對技術可實現 三維成像。

原子力顯微鏡：成像的本質就是測量表面每個像素點的高低，描繪出立體形貌。

4、工作環境差別

激光共聚焦和原子力顯微鏡可以在大氣環境中進行測試樣品

一般掃描電鏡必須在高真空環境下進行測試樣品

5、應用范圍差別

激光共聚焦：幾倍 ~ 幾千倍，樣品制備簡單

掃描電鏡 ：幾倍~幾十萬倍，樣品制備稍微復雜一些，但總體也很簡單。

原子力顯微鏡：幾萬倍~幾千萬倍， 要求樣品非常平坦，樣品制備很難。